Les Réseaux de centres d’excellence (RCE) sont conjointement administrés par les trois organismes subventionnaires du Canada, soit les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) et le Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH), en partenariat avec Industrie Canada.

Le Comité de direction, qui se compose des trois présidents des organismes subventionnaires et des sous-ministres d’Industrie Canada et de Santé Canada, gère les RCE. Le Comité de direction est appuyé par le Comité de gestion des RCE auquel siège un vice-président de chacun des trois organismes subventionnaires, un directeur général d’Industrie Canada, le vice-président associé des RCE et le directeur de la Division de la planification et des politiques organisationnelles du CRSNG.